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遠程教育和自學考試均屬于我國的國民教育系列，兩者的學歷國家承認，在今后的考研、考公務員、工作、升職、評級憑職等都是有效的通行證。當兩者也有一定的差別，具體表現在：
一、入學方式不同
遠程教育：遠程教育需要入學考試，試題由經國家批準的遠程網絡教育招生院校自主命題，一年有兩次報名入學的機會，分春秋兩季。
自考考試：免試入學，命題由全國考委統籌安排，分別采取全國統一命題、區域命題、省級命題三種辦法，一年有四次報名考試的機會，分別在1、4、7、10月份。
二、學習方式不同
遠程教育：全部為業余制學習，國家有關條文明確禁止招收全日制學生，學生主要通過看視頻、做作業、在線互動交流等方式進行學習。
自學考試：自考考試的學習形式有全日制、網絡制和業余制三種，另外，如果考生基礎好、自學能力強的也可以完全自學。
三、學習年限不同
遠程教育：實行彈性制和學分制，允許學生自由選擇學習期限。高升專的學習年限為2.5-5年，專生本的學習年限為2.5-5年。
自考考試：自學考試的學習年限沒有限制，考生只要通過所有規定的課程考試就可以申請畢業。
四、畢業證不同
遠程教育：修滿學分者將獲得學校頒發的國家承認的“普通高等教育”畢業證書(教育部電子注冊、注明“網絡教育”)，證書上加蓋學校印章。
自考考試：符合畢業資格者，獲得國家承認的“高等教育自學考試”畢業證書。證書上加蓋各省（市）高等教育自學考試委員會及主考院校兩枚印章。
遠程教育畢業證和自考考試畢業證均是國家承認學歷，效力相當，其本科畢業生滿足學士學位條件者均可以向主考院校提出申請，審核通過后頒發加蓋主考院校印章的學位證書。
